アプリケーションの「ファイルを開く」ダイアログからファイルを開く場合、そのアプリケーションがサポートしていないフォーマットのファイルは表示されないことがあります。データ（ドキュメント）は、それを作成したアプリケーションか、対応している共通フォーマットでなければ開けないのが原則で、ファイルの拡張子などで判断して開けないはダイアログに表示しないためです。もちろん*.bmp、*.jpg、*.txtなど共通のフォーマットであれば、他のアプリケーションから開くことができますし、アプリケーションによってはすべての拡張子のファイルを表示させることもできます。ただ、開けるかどうかは別の話ですが。

また、データ自体が壊れている場合は開けなくなることがあります。データが壊れるのは、アプリケーションで保存する時のエラーや、コピーする時のエラー、メールに添付されたファイルをダウンロードする時のエラーなどが原因になります。ファイルを開いて作業しているのにも関わらずPCの電源を落とした場合なども同じで、ファイルが壊れてしまうため二度とそのファイルを開けなくなります。

稀に、そのデータを作成したアプリケーションを削除してしまったために、ファイルを開けなくなることもありますが、その場合はそのアプリケーションを再インストールすることで開くことができます。